Всегда было интересно на каком основании таможней Украины выдается заключение о направлении машины в тот или иной коридор.

Наверное из 5 последних поездок на Украину автомобилем (через Гоптивка) я все 5(!) раз был отправлен в красный коридор. Причем один раз 30 декабря мы простояли там 3 часа в очереди. Вначале было недоразумение, потом раздражение, после просто истерический смех.
Есть ли какие-либо инструкции на этот счет у таможни?

На их усмотрение. Жигули с белгородскими номерами в которых едет семья с детьми в красный не посылают, а внедорожник с московскими номерами и тремя небритыми лицами внутри, пошлют стопроцентно.
В целом, у меня в красном обычно выходило быстрее, чем в зелёном. Хотя, я в зелёном всего два раза и был то...

Приложив во втором окошке (где выдают бегунок) к основным документам дополнительный билет с цифрой 500, гарантированно поедешь через зеленый. Иначе, на их усмотрение (см. выше).

Проехав на любой небольшой таможне (Грайворон, Шебекино, Суджа), как правило, не попадешь на "красный коридор", максимум - будет символический осмотр взглядом на багаж и бардачка в машине.

не вводите людей в заблуждение. Меня в Шебекино шмонали именно русские таможенники. Несмотря на двадцатиградусный мороз и наличие в машине грудного ребёнка